历史系以中国社会科学院古代史研究所（原历史研究所）为依托，于1978年伴随着中国社会科学院研究生院的创办而成立。当年招收首届硕士研究生，1985年招收首届博士研究生。
历史系在中国史一级学科下，设置四个二级学科，分别是中国古代史、专门史、历史地理学、历史文献学，形成了比较完善的学科体系。目前开设《中国古代史料学》《中国古代思想史》《中国古代史学科前沿动态的追踪与分析》以及《中国史专题》四门公共课程，受到历届系内外学生的好评。
历史系现任历史系主任为中国社会科学院学部委员、中国社会科学院古代史研究所所长、博士生导师卜宪群研究员，现有博士生导师21名，硕士生导师47名。
历史系一直以为国家培养中国古代史研究英才为己任，秉持古代史研究所“求真务实”的优良学风和“传帮带”的治学传统，守正创新，继往开来。
