硕士生导师，哈佛大学燕京学社访问学者。2010年进入中国社会科学院考古研究所工作至今，现任考古研究所考古科技与实验研究中心副主任，中国考古学会动物考古专业委员会常务副主任，复旦大学文物与博物馆学系兼职硕士生导师。获得教育部全国优秀博士学位论文、中宣部宣传思想文化青年英才、中国考古学会青年学者金鼎奖、中国社会科学院青年拔尖人才等荣誉。主要研究方向为动物考古和中国古代畜牧业。
代表性成果：
吕鹏：《试论中国家养黄牛的起源》，见河南省文物考古研究所：《动物考古（第1辑）》，北京：文物出版社，2010年，第152-176页。
吕鹏、傅宪国：《顶蛳山遗址出土蚌刀的动物考古学研究》，《南方文物》2010年第4期，第48-54+46页。
吕鹏：《广西邕江流域贝丘遗址动物群研究》，《第四纪研究》2011年第31卷第4期，第715-722页。
吕鹏、袁靖、杨梦菲：《西水坡遗址动物遗骸鉴定和研究》，见河南省文物考古研究所and 濮阳市文物保护管理所：《濮阳西水坡》，中州古籍出版社、文物出版社，2012年，第659-696页。
吕鹏：《中国における貝塚遺跡の発見と研究》，见中島経夫and 槙林啓介編：《水辺エコトーンにおける魚と人稲作起源論への新しい方法（水陆交界带的鱼类和人类：稻作起源论的新方法）》，ふくろう出版，2014年，第141-171页。
吕鹏、袁靖、李志鹏：《再论中国家养黄牛的起源——商榷<中国东北地区全新世早期管理黄牛的形态学和基因学证据>一文》，《南方文物》2014年第3期，第48-59页。
吕鹏：《商人利用黄牛资源的动物考古学观察》，《考古》2015年第11期，第105-111页。
吕鹏、宫希成：《祭牲礼制化的个案研究——何郢遗址动物考古学研究的新思考》，《南方文物》2016年第3期，第169-174页。
吕鹏、贾笑冰、金英熙：《人类行为还是环境变迁？——小珠山贝丘遗址动物考古学研究新思考》，《南方文物》2017年第1期，第136-141+130页。
吕鹏、袁靖：《交流与转化——黄河上游地区先秦时期生业方式初探（上篇）》，《南方文物》2018年第2期，第170-179页。
吕鹏、袁靖：《交流与转化——黄河上游地区先秦时期生业方式初探（下篇）》，《南方文物》2019年第1期，第113-121页。
吕鹏、吴卫红：《长江下游和淮河中下游地区史前生业格局下的凌家滩文化》，《南方文物》2020年第2期，第119-125页。
吕鹏：《缘起：中国动物考古学的多学科之路》，《南方文物》2021年第01期，第173-178页。
吕鹏：《云南贝丘遗址生业方式的研究——以获取和利用动物资源方式为中心》，《南方文物》2023年第02期，第121-127页。
吕鹏、郭鹏鹏、塔拉、岳够明、徐焱、宝力格：《元代牧区畜牧业的考古证据——元上都西关厢遗址的动物考古学研究》，《人大复印报刊资料.考古学》2023年第5期，第101-107页。
Lu, P., K. Brunson, J. Yuan and Z. Li (2017). "Zooarchaeological and Genetic Evidence for the Origins of Domestic Cattle in Ancient China." Asian Perspectives 56(1): 92-120.
